Trái với ước nguyện của nhân dân Thổ là được bảo toàn trọn vẹn lãnh thổ của mình, các nhà lãnh đạo phe Đồng Minh đã bí mật chia chác quyền lợi trên thất bại của Đế chế Ottoman trong Hiệp định Paris, dựa trên các điều khoản bí mật ký kết năm 1915-1917. Đó là một Đế quốc Hy Lạp mới (Megalic Idea), dựa trên ý tưởng mở rộng một quốc gia mới bao gồm tất cả các nhóm dân Hy Lạp và được sự chấp thuận của Thủ tướng Anh là Lyoud George. Ý sẽ chiếm vùng giáp biển Địa Trung Hải mà họ đã được hứa hẹn ở Hiệp định St-Jean-de-Maurienne. Pháp theo Hiệp định Sykes-Picot, chờ đợi Hatay, Liban và Syria còn thèm muốn một phần miền Tây-Nam nữa của Tiểu Á. Anh đã có sẵn phần của họ ở Ả Rập, Palestine, Jordan và Iraq cũng nhắm tới quyền kiểm soát eo biển Thổ Nhĩ Kỳ.

Giai đoạn tổ chức ban đầu 1919-20

Thay vì giải giáp các lực lượng vũ trang chính quy và các tổ chức dân tộc, Mustafa Kemal quay sang liên lạc với những nhà lãnh đạo địa phương và kêu gọi cho các thống đốc và sĩ quan chỉ huy tiến hành kháng chiến chống lại quân chiếm đóng.

Ngày 22 tháng 6 năm 1919, cùng với các nhà ái quốc khác như Rauf Orbay, Refet Bele và Ali Fuat Cebesoy, Mustafa Kemal ra thông cáo Amasya tuyên bố sự độc lập của Thổ Nhĩ Kỳ đang trong tình thế "ngàn cân treo sợi tóc" do triều đình Ottoman chịu sự lệ thuộc vào ngoại quốc nên người dân Thổ phải tự thành lập ra một nhà nước của mình.

Người Anh đã được báo động và e ngại các hoạt động của Mustafal Kemal và lập tức liên lạc với triều đình Ottoman. Họ hạ lệnh bắt giữ và kết án tử ông với lý do bất chấp mệnh lệnh.

Ngày 9 tháng 7, Mustafa Kemal từ chức và tham gia Hội nghị Erzurum, tụ họp các nhà cách mạng Thổ. Tại đây, ông được trao tặng danh hiệu "Công dân danh dự" với giấy đăng ký công dân hạng nhất. Mustafa Kemal trở thành người đại diện cho thành phố cửa ngõ của dân nhập cư vào Tây Tiểu Á này. Ông lập tức kêu gọi bỏ phiếu toàn quốc để lập ra một nghị viện mới đặt tại Ankara, trên cương vị là người phát ngôn của đại hội Silvas.

Cuộc chiến tranh giành độc lập 1920-22

Tại Đại hội quốc gia của Thổ Nhĩ Kỳ vào ngày 23 tháng 4 năm 1920, Mustafa Kemal được bầu làm tổng thống.

Hiệp ước Serves được ký kết giữa chính phủ Ottoman và lực lượng Đồng Minh chuẩn bị những bước cuối cùng cho kế hoạch chiếm đóng Tiểu Á. Sự kiện này kích động mâu thuẫn giữa triều đình Istanbul và chính quyền Ankara do đối với Mustafa Kemal và các đồng sự của ông hành động này là không thể chấp nhận được và sẽ là sự chấm dứt của một quốc gia Thổ độc lập. Thái độ kiên quyết của những nhà ái quốc được sự hưởng ứng nhiệt liệt của đại bộ phận nhân dân, và Hội đồng quốc gia nhanh chóng phê chuẩn sự thành lập của một đội quân quốc gia.

Chiến sự nổ ra ở cả ba mặt trận: chiến tranh Hy Lạp-Thổ Nhĩ Kỳ, chiến tranh Thổ Nhĩ Kỳ-Armenia, chiến tranh Pháp-Thổ Nhĩ Kỳ cùng với việc trấn áp các cuộc nổi loạn trong nước, kéo dài từ 1920 đến 1921.

Chính Hy Lạp là quốc gia trực tiếp muốn xâm lược Tiểu Á. Sau hàng loạt các cuộc đụng độ quân đội Hy Lạp tiến đến sông Sakarya, chỉ cách Ankara hơn 80 kilômét. Mustafa Kemal được chọn làm tổng tư lệnh của lực lượng vũ trang với toàn quyền. Sau đó quân Hy Lạp bị đánh đại bại trong trận Sakarya kéo dài gần 12 ngày, từ 23 tháng 8 đến 13 tháng 9 năm 1921.

Khi Mustafa Kemal dẫn đoàn quân chiến thắng trở về Ankara, ông được trao hàm thống soái của quân đội và danh hiệu gazi (người chiến binh của đức tin chống quân vô thần). Cuối cùng, quân đội Hy Lạp bị đánh bại hoàn toàn ở trận Dumlupinar vào ngày 30 tháng 8 năm 1922.

Cùng với sự sụp đổ của Đế quốc Nga vào năm 1917, ba nước cộng hòa độc lập được thành lập ở vùng Caucasus: Armenia, Azerbaijan và Gruzia. Kemal và phong trào của ông tức giận trước quyết định công nhận quyền tự trị cho Armenia trong Hiệp ước Sèvres của triều đình Ottoman. Mùa thu năm 1920, quân đội của Kemal tấn công Armenia và chiếm phần lớn lãnh thổ của nước cộng hòa này. Tháng 12 năm 1920, Armenia yêu cầu đình chiến. Sau đó các hiệp ước với Liên Xô, Thổ Nhĩ Kỳ được nhượng lại phần lớn lãnh thổ của nước cộng hòa dân chủ Armenia yểu thọ này.